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대부분 증상의 악화와 호전이 반복되며, 때로는 상당히 오랜 기간 증상이 나타나지 않습니다.
직장에만 병적인 변화가 나타나는 궤양성 대장염은 병의 경과 및 치료 결과가 비교적 좋습니다. 따라서 약물 치료만으로도 호전될 수 있습니다. 약 3%의 환자에게서 장천공, 독성 거대 결장, 다량의 출혈 등의 합병증이 발생합니다.
그러나 직장 이상의 부위에서 병적인 변화가 나타나는 궤양성 대장염은 대장암으로 진행되기도 합니다. 약물 치료를 하더라도 계속 재발하는 경우가 많습니다. 20년 이상 진행된 궤양성 대장염의 50% 정도는 대장암으로 진행합니다. 약물 치료를 진행할 경우 3년 안에 재발할 가능성은 75% 정도입니다.
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